دوره دکترای دانشکده مهندسی کامپیوتر از سال تحصیلی 80-79 راه اندازی شده و در سالهای بعدی ادامه یافت. در حال حاضر حدود 94 دانشجوی دکترا در قالب 4 رشته گرایش ذیل در این دانشکده مشغول به تحصیل می باشند.

1- مهندسی کامپیوتر - معماری سیستم های کامپیوتری

2- مهندسی کامپیوتر - نرم افزار

3- مهندسی کامپیوتر - هوش مصنوعی و رباتیک
4- مهندسی کامپیوتر - شبکه های کامپیوتری

 آیین نامه ها و مصوبات